In Rouen verschärften sich die Haftbedingungen für die Jungfrau. Obwohl sie eigentlich in ein kirchliches Gefängnis hätte kommen müssen, in dem sie unter der Aufsicht von Frauen gestanden hätte, waren es nun englische Soldaten, die sie bewachten.
Der Priester Jean Massieu aus Rouen schilderte ihre Haftbedingungen wie folgt:
“Jeanne war im Schloß von Rouen in einem Raum im mittleren Stockwerk des Turms eingesperrt, wohin man über acht Treppen gelangte. Es war da ein Bett, wo sie schlief, und ein großer Holzklotz, woran eine Eisenkette angebracht war, die dazu diente, sie anzuketten. Ihre Füße waren gefesselt. Man schnallte sie mit einem Schloß an, das auf dem Holzklotz lag. Es waren fünf nichtswürdige Engländer da, um sie zu bewachen. Sie wünschten unbedingt Jeannes Tod und spotteten ihrer unablässig.”
Während des Prozesses klagte Jeanne immer wieder darüber und machte Bischof Cauchon dafür verantwortlich. Zudem mußte sie sich oft – insbesondere in der Nacht – gegen Übergriffe ihrer Wächter wehren.
